此後，學院因應時代的需要，由1995年至2000年間，增設聖經研究副學士課程、教牧學碩士和基督教研究碩士課程。將培育的層面，由蒙召全職事奉者，延伸至在職傳道人和一般有志帶職事奉的信徒。院址方面，則於1996年由尖沙咀漆咸道遷至尖沙咀亞士厘道。2001年2月在漢口道另外購買一個面積約三百餘平方米（或三仟餘平方英呎）的單位，專作圖書館之用，使學生得到更大的空間自修和閱讀。2002年8月蒙神恩典預備，在圖書館址上層租得兩單位分別作為男、女學生宿舍之用，讓同學們可更專心向學、並在屬靈生命和生活品格上得到更好的操練。

從1964年在香港復校以來，學院之畢業生，分別在本港任牧師傳道、神學院講師、教會學校教師、文字工作者、福音機構同工；亦有遠赴海外牧會或任宣教士。

1996年4月，香港董事會向香港政府註冊署正式註冊為一間非牟利的慈善機構。從此，美國董事會和香港董事會分別獨立處理神學院在北美和香港的事工。

神學院在港復校過了四十年，蒙神引導，2005年揭開新的一章。在此新的一章，學院採用了一個新的校徽。新校徽乃是將神學院名字之「中」字以一個豎立的十字架和一本打開的「聖經」去刻劃，藉此表達神學院「高舉基督、表揚主道」的精神。色彩方面則選用深棕色和灰色二色相配，前者代表木材，後者代表石頭，乃是以西結書四十至四十三章所啟示之新聖殿所用的主要建築材料，雖然簡單純樸，神卻臨格同在，讓聖殿充滿祂的榮耀(結四十三1-5)，藉此表達學院要「成為聖潔、合乎主用」的禱願。屬靈素質被肯定為學院栽培神學生的主要因素，並再版何守瑛教士於1962年編著之《我看見了神的作為》一書以激勵師生同工重視禱告的生活。在課程和學制上也作出了更新，神學系增設宣教主修。2009年秋季增設道學碩士課程，為教牧同工提供進修的機會。2011年信徒裝備科開設聖經研究學士，2015年9月增設四年全日制道學碩士，為學院的課程帶入另一里程。

院舍方面，蒙神恩領，學院於2007年夏在新界元朗牛潭尾物色地業建立一幢新院址，2014年秋，新院舍建築工程竣工，12月14日舉行奉獻禮，2015年1月5日遷入正式使用。從此尖沙咀原有院址發展為裝備信徒參與聖工之用，取名為尖沙咀教育中心。

整件高達港幣1億圓的建築工程得以傳承學院1930年創校時所定的原則「不欠債，不募捐，專心仰望神的供給」去完成，全學院再次經歷了創校時先賢們的信心功效，非常感恩！建校舍詳情刊載於建院見證集《我們經歷了神的作為》(2014年初版、2017年3月增訂版、2018年6月增修版)。

靠賴父神的慈悲憐憫，2020年6月20日學院在新冠肺炎疫情蔓延全球的陰影下，以實體舉行了創校九十週年感恩慶典，紀念九十年來神對學院的引導和保守，非常感恩﹗願父神在未來的年日繼續使用學院去裝備合乎祂用的工人，身處邪惡和動盪的世代中，如同明光照耀，將生命的道表明出來。